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library(igraph)
g<-read.graph(commandArgs()[5], format="edgelist",directed=FALSE)
cs<-clusters(g)
csh<-hist(cs$csize,breaks=seq(min(cs$csize),max(cs$csize),1))
S<-0
for(i in 1:max(csh$breaks)){
	cat(i,csh$counts[i],"\n")
	if(!is.na(csh$counts[i])) S<-S+(csh$counts[i]*(csh$breaks[i]^2))/vcount(g)
}
S

igraphを使ったネットワークの統計量
g<-read.graph(commandArgs()[5], format="edgelist",directed=FALSE)

• 平均経路長

average.path.length(g)

• ノード数

vcount(g)

• リンク数

ecount(g)

• クラスター数

clusters(g)
正確には
cs <- clusters(g)
cs$no

• ネットワークの直径

diameter(g,unconnected=TRUE)

• write.tableで失敗？

write.table(Out,FN,append=T) : これではダメ
write.table(Out,FN,append=TRUE) : 失敗
TRUEまですべて書かないとダメっぽい。@unixマシンにて。Windowsでは試してない。