■

• 行数がたくさんあるデータ[InputFile]のX行目のみを表示したい。

すなわち、上からX行目までデータを出力して、最後の行のことなので。

head -n X [InputFile] | tail -n 1

• UbuntuへJavaのインストール

Cytoscapeをインストールしようとしたら、Javaをまずインストール必要とのことだった。
「javac」とうって、がインストールされていないことを確認後、

sudo apt-get install sun-java6-jdk

だけで基本的にはオッケー。
参考

• UbuntuへCytoscapeのインストール

Cytoscapeのページの上の方にある、
「Download Cytoscape 2.6.3!」のページから、名前、所属、メイルを入れて、同意。
（ちなみに、名前、所属、メイルに「1」だけ入れても次に進んだ。。。）
3つのオプションから、私は一番上の、
「Option 1: Platform specific installation bundles. 」の、
Unix/Linuxを選択すると、Cytoscape_2_6_3_unix.shがダウンロードできるので、
それを、ダウンロード後、

chmod a+x Cytoscape_2_6_3_unix.sh
./Cytoscape_2_6_3.sh

とした。
するとアプリケーションの中の未分類のフォルダに「Cytoscape」ができている。
もし、ない場合は、ターミナル上で

cd /home/XXXX/Cytoscape_v2.6.3
./Cytoscape

でも起動する。