x<-read.table("Inputfile.csv")
y<-hist(x[,1],breaks=seq(min(x),max(x)+0.01,0.01))
z<-paste(y$breaks,y$count)
write.table(z,row.names=F,col.names=F,file="Outputfile.csv")
このままだとダブルコーテーションが出力されたりするので、適宜
sed 's/"//g' Outputfile.csv > Outputfile2.csv
とかする。