■

• 青空文庫のルビを削除する方法

miなどのエディタを使って
《[^》]+》

の部分をなしに置き換えてしまえばいいらしい。
参考

あとは、段落の区切りは、

［＃５字下げ］五十六［＃「五十六」は中見出し］

とか書かれているので、grep -v ＃５字下げ kokoro.txt > kokoro2.txt

とした。