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複数ファイルにわたるコンパイルの方法．
長い文章を書くとき，章ごとにファイルを作って全体をコンパイルする．

用意するファイル．
Main.tex
Chap1.tex
Chap2.tex
Reference.bib

Main.texの中身．

\documentclass[a4paper]{jarticle}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{color}

\bibliographystyle{plain}

\begin{document}
\tableofcontents %目次

\input{./Chap1} %１章
\input{./Chap2} %２章

\bibliography{./References} %参考文献

\end{document}

Chap1.texの中身．(Chap2.texも同様．）

\section{愛媛の特徴} 
この章では四国の中でも，愛媛県についてまとめる．
\subsection{気候}
瀬戸内海に面しており，温暖である．台風も滅多にこない．
\subsection{特産物}
まずおもいつくのが「みかん」\footnote{英語では単にorange，またはmandarin orangeともいう．}である．\cite{Ehime:2012}

Reference.bibの中身．

@article{Ehime:2012,
author = {伊予太郎},
title = {わが愛媛},
journal = {EhimeNoHon},
year = {2012},
volume = {473},
number = {7346},
pages = {174-180},
}