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Gphiはコミュニティ表示が分かりやすく，きれいなので使えそう．
データをインポートするには，CSVとかPajek形式とかいろいろあるが，一番分かりやすそうなのが，GML形式．
データの記述は以下のようにする．
ノードの大きさはwとhで指定．

graph
[
 node
 [
  id 1
  label "相容れない"
  graphics [
   w 1.82991
   h 1.82991
  ]
 ]
 [
  id 2
  label "愛くるしい"
  graphics [
   w 2.82991
   h 2.82991
  ]

 ]
 edge [
  source 1
  target 2
  weight 0.881762695634908
 ]
]

Gephiのクイックスタートガイド
インポートデータガイド
Graph Modeling Language（GML）

XMLっぽく書くGephi形式(GEFX)にすると，さらに動的なデータも可能らしい．